Река Никишиха относится к амурскому бассейну и впадает в р. Ингоду. Истоки ее находятся на высоте около 1150 м, устье - на высоте 650м. Длина реки составляет 80 км. Места на Никишихе живописные и поэтому привлекают сюда туристов, а также просто отдыхающих. Река бежит прижимаясь к крутым бортам хребта Черского. Горный рельеф определяет высокую скорость течения у истоков, в устье течение реки спокойное. Главным источником питания реки являются дождевые воды, поэтому наибольший уровень воды бывает в летний период. Растительность представлена сосной, лиственницей, березой, багульником (рододендроном).

Дно реки преимущественно каменистое, в местах замедленного течения отлагаются пески.

На крупных валунах можно увидеть колонии цианобактерий (синезеленых водорослей). Их форма зависит от наличия внутри личинок комаров-звонцов.